El Coto alberga una gran variedad de especies tanto en flora como fauna, entre ellos tenemos: 177 especies de aves, 29 especies de mamíferos, 16 de reptiles, 7 de anfibios y 3 de peces. También se logró identificar 179 especies vegetales, de las cuales 44 son arbóreas y 47 arbustivas. En cuanto a las aves, unas 37 son endémicas de la Región Tumbesina. Así también, protege a 8 aves amenazadas, los cuales ya se encuentran en peligro de extinción, lo que convierte al CCEA en la segunda Área Natural Protegida a nivel nacional con mayor número de especies en peligro de extinción.

Por todo lo mencionado antes, El Coto fue declarado como “área de importancia para la conservación de aves” por BirdLife International, gracias a la denominación dada, El Coto se convirtió en un lugar privilegiado y único para el turismo, en especial para la observación de aves. Asimismo, indicar que gracias al gran manejo de la especie venado cola blanca, la especie logro un aumento considerable en los últimos años, por tal motivo se le permite el desarrollo de la caza deportiva, siempre junto con un plan de manejo, que regula la cantidad de venados en el área.